ยาปฏิชีวนะส่วนใหญ่ถูกสร้างเป็นอาวุธครั้งแรกโดยแบคทีเรียเพื่อต่อสู้กับแบคทีเรียตัวอื่น ยุคแห่งวิวัฒนาการทำให้แบคทีเรียมีวิธีการที่ไม่เหมือนใครในการทำสงครามและฆ่าแบคทีเรียอื่นๆ โดยที่ศัตรูของพวกมันไม่พัฒนาความต้านทาน การค้นพบยาปฏิชีวนะส่วนใหญ่ประกอบด้วยนักวิทยาศาสตร์ที่ปลูก สเตรปโตไมซีสหรือบาซิลลัสในห้องแล็บและบรรจุขวดความลับเพื่อรักษาโรคของมนุษย์
แต่ด้วยการเพิ่มขึ้นของแบคทีเรียที่ดื้อต่อยาปฏิชีวนะ จึงมีความจำเป็นเร่งด่วนสำหรับสารประกอบออกฤทธิ์ใหม่ และเราอาจจะหมดแบคทีเรียที่หาประโยชน์ได้ง่าย อย่างไรก็ตาม ยาปฏิชีวนะจำนวนนับไม่ถ้วนมักจะซ่อนอยู่ภายในจีโนมของแบคทีเรียที่ดื้อรั้นซึ่งยากหรือเป็นไปไม่ได้ที่จะศึกษาในห้องปฏิบัติการ ยาปฏิชีวนะจำนวนมากมาจากแบคทีเรีย แต่แบคทีเรียส่วนใหญ่ไม่สามารถเติบโตในห้องปฏิบัติการได้ ตามมาว่าเราอาจจะพลาดยาปฏิชีวนะส่วนใหญ่ไป